Semmelweis zauważył, że gdy lekarze badali rodzące kobiety, nawet jeśli myli się wodą z mydłem na ich rękach pozostawał zapach trupów. W odpowiedzi na to i zgodnie z panującą teorią miazmy (według której choroby przenoszą się przez szkodliwe powietrze i zapachy) wprowadził zasadę, że studenci medycyny i lekarze muszą myć ręce w roztworze wapna chlorowanego, które najlepiej usuwało zapach trupów z rąk. Praktyka ta zmniejszyła połogową śmiertelność matek na jego oddziale porodowym niemal dziesięciokrotnie, z ok. 13-18% do 1,8%.

Sammelweis był poniżany i wyśmiewany za swoje poglądy w czasie swojego życia przez wielu przedstawicieli środowiska medycznego. Jednak mimo oporu trzymał się swojej teorii, a lekarzy, którzy się pod nią nie podpisywali, uważał za morderców. W końcu zapadł w depresję oraz inne problemy psychiczne skutkiem których było popadnięcie w alkoholizm i częste korzystanie z usług pracownic seksualnych.

Koledzy i żona Ignaza Semmelweisa w końcu uznali, że staje się zbyt kłopotliwy. W 1865 roku udało im się zwabić Semmelweisa do zakładu psychiatrycznego pod pretekstem zwiedzenia nowej placówki.

Semmelweis szybko zorientował się, co się dzieje i próbował uciec, został jednak dotkliwie pobity przez sanitariuszy i zakuty w kaftan bezpieczeństwa. Prawdopodobnie podczas tego bicia, choć mogło to być również podczas kolejnych, Semmelweis otrzymał śmiertelny cios. Jedna z jego ran uległa zakażeniu i w ciągu dwóch tygodni od przyjęcia do zakładu Semmelweis zmarł 13 sierpnia 1865 r. na sepsę.